Genom Dizileme Türleri Nelerdir?

Bir organizma genomunda bulunan bütün DNA zincirlerinin dizilenmesi işlemi “tüm genom dizileme” olarak adlandırılmaktadır.

Genom Dizileme Türleri Nelerdir?

Bir organizma genomunda bulunan bütün DNA zincirlerinin dizilenmesi işlemi “tüm genom dizileme” olarak adlandırılmaktadır.

10 Kasım 2017 Cuma 12:25
Genom Dizileme Türleri Nelerdir?

Bir organizma genomunda bulunan bütün DNA zincirlerinin dizilenmesi işlemi “tüm genom dizileme” olarak adlandırılmaktadır. Genom dizileme türleri ise çeşitlidir.

Genom dizileme türleri:

  • De novo dizileme

De novo dizileme; bir organizma türünün genomunun ilk defa dizilenmesi işlemi olarak adlandırılır.  Bundan dolayı da elde referans genom bulunması mümkün değildir.

  • Yeniden dizileme

Yeniden dizileme uygulamasında; genomu dizinlenmiş olan canlı türünün farklı örneklerinin genomları dizilenir. Bu aşamada mevcut referans şablonları, birleştirme uygulamasında kullanılabilir. Yeniden dizileme uygulamasının hedefi ise;  aynı tür üyeleri arasındaki genom farklılıklarının değerlendirilmesidir.

  • Hedeflenmiş Genom Dizileme

Hedeflenmiş genom dizileme ise, genom içinde ilgilenilmesi gereken spesifik alanlara odaklanılarak, sadece bu bölümlerin dizilenmesini ifade eder. Hedeflenmiş dizileme yaygın olarak;  SNP’lerin aranmasında faydalanılan bir işlemldir. SNP’ler DNA dizilimindeki tek baz farklılıklar olarak ifade edilir. İnsanlar arasındaki genetik varyasyonların en yaygın şekilde karşılaşılan hali olmaktadır.

Hedeflenmiş genom dizileme yöntemi, dizileme projeleri için gereken maliyetten ve zamandan tasarruf sağlaması ile avantajlıdır. Bunun faktörlerin dışında, genomun belirli bölgelerinin derinlemesine araştırılmasını da destek olur.

Ekzom Dizileme Nedir?

Genler, DNA üzerinde yer alan ve proteinlerin kodlanmasından sorumlu olan alanı ifade eder. Her genin içinde, ekzon ve intron adı verilen alt bölgeler mevcuttur. Proteinlerin yapımı aşamasında intron bölgeleri alınır ve proteinin son halinde bulunmazlar. Proteini ortaya çıkaran asıl şifreekzon bölgelerinde kayıtlıdır.

İnsan genomu ortalama şekilde 180,000 ekzon içermektedir. Bütün ekzonlar genomun yalnızca %2’sine yakın bir kısmını meydana getirir.Ancak buna karşın, hastalıklarla ilgili olduğu bilinen farklılıkların ortalama  %85’i bu bölgelerde yer alır. DNA’da mevcut olan tüm ekzonların toplamına ise ekzomdenilmektedir. Bu sebeple de, ekzomu inceleyerek DNA’daki kritik öneme sahip değişiklikleri tespit etmek söz konusudur. Tüm EkzomDizileme  yöntemi sayesinde ileri dizileme yöntemlerine başvurularakekzom etkili bir şekilde incelenebilmektedir.

Ekzom, genomun ekzonlardan meydana gelen bölümü olarak tanımlanır ve insan bedeninde proteinlerin üretilmesi için gereken bölgeleri ifade eder. Ekzom dizileme, bir tür hedeflenmiş dizileme tekniği olarak karşımıza çıkar. Bu yöntem ile yalnızca genomdaki genlerin ekzonik bölgeleri dizilenir. İnsan genlerinin %2 oranından daha azı protein kodlayan anlamlı bölgeyi kapsamaktadır. Ekzom dizileme bu sebepten dolayı genomun çok küçük bir bölümüne odaklanır. Bu bölümler DNA’nın hastalıklarla ilişkili olma riski fazla olan bölümleri yani genlerdir. Çeşitli araştırmalarda uzmanlar, çeşitli durumlarda sadece genlerin dizilenmesine odaklanır ve hastalıkla ilgili daha hızlı sonuçlar elde edebilir. Ekzom dizileme, tüm genom dizilemeden daha hızlı bir yöntemdir. Bununla beraber maliyeti de daha düşüktür.

Kaynak: http://dnalab.com.tr/

Yorumlar
Avatar
Adınız
Yorum Gönder
Kalan Karakter:
Yorumunuz onaylanmak üzere yöneticiye iletilmiştir.×
Dikkat! Suç teşkil edecek, yasadışı, tehditkar, rahatsız edici, hakaret ve küfür içeren, aşağılayıcı, küçük düşürücü, kaba, müstehcen, ahlaka aykırı, kişilik haklarına zarar verici ya da benzeri niteliklerde içeriklerden doğan her türlü mali, hukuki, cezai, idari sorumluluk içeriği gönderen Üye/Üyeler’e aittir.